病理檢驗是提高醫療品質，維護醫病關係及臨床醫學診療的需要，分設組織病理、細胞病理及臨床檢驗。這些皆能發揮最大的功能，提供台南地區民眾鄉親親切的服務。正確的檢驗有賴於豐富、純熟、可靠的技術及良好、進步的設備。本院目前有先進的設備，依實際作業需要分組如下：
一、編組
| （1） 諮詢服務 |
（6） 血清免疫組 |
（11） 毒物檢查組織病理 |
（16） 研究發展 |
| （2） 檢體收集 |
（7） 血庫 |
（12） 細胞病理 |
（17） 品管組 |
| （3） 門診檢驗 |
（8） 細菌室 |
（13） 免疫化學染色 |
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| （4） 血液組 |
（9） 生殖醫學基因檢驗 |
（14） 冰凍切片 |
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| （5） 鏡檢組 |
（10） 外檢組 |
（15） 在職訓練 |
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臨床病理檢驗中心 |
二、功能
負責解剖、臨床病理之檢查。提供既經濟又快速的正確診斷。其臨床檢驗的數值供疾病診斷的參考；病理組織的診斷則提供臨床醫師採決不同的治療方向，如癌症或良性病變，其治療的方向迥異，讓病患能快速得到良好的醫療與照顧。
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組織病理診斷
細胞病理診斷
冰凍切片診斷
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組織病理免疫染色
組織病理化學酵素染色
最新型全自動染色機
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| 最新型自動染色機 |
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標本處理檯
組織脫水處理機
冰凍切片機
組織包理機
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組織切片機
細胞離心機
自動染色機
雙頭式教學顯微
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| 旋轉式切片機 |
冷凍切片機 |
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