本院位於台南市市中心，於民生路及西門路路口，醫院秉持回饋社會的理念，提供良好的就醫環境，藥劑科以藥師的專業，為民眾的用藥謹慎把關。

藥劑科提供民眾藥品調劑、用藥指導及諮詢服務，本科有畢業後二年期藥師學習及藥學實習學生之教學訓練，亦為藥學實習學生的實習場所。

協同居家護理師到病友家中訪視，藥師針對藥品的使用給予關懷和指導，病人用藥時可能會出現副作用、 藥品使用不正確或是廢棄過期藥品不知如何處理等問題，藥師可以適時給病人關心並給予正確用藥指導。

長期至社區、學校等地方進行用藥安全宣導，用藥安全關係人民健康，藥師長期配合宣導工作，將正確用藥、 菸檳酒毒的危害等資訊，正確告知民眾，也會配合藥師公會舉辦大型活動，將用藥安全更深植民心。