為了造福南部地區的癌症治療病患，增加腫瘤的治癒率，本院不計成本設置最新型的放射治療儀器， 包括新型直線加速器、高速電腦斷層模擬定位儀、具反算功能之電腦治療計劃系統、各式驗證儀器等， 能針對各種病症給予最有效且最高品質的治療。

郭綜合醫院亦領先各大醫院成為台南地區第一家引進最先進強度調控放射治療技術的醫院， 這種治療方法對不規則形狀或靠近重要器官的腫瘤具有很大的優勢，可廣泛的使用於腦瘤、鼻咽癌、 頭頸部腫瘤、乳癌、肝癌、子宮頸癌、攝護腺癌等各種原發或復發性癌症，大幅減少正常組織的傷害。 許多最新的醫療研究報告都已逐漸證實這種方式的優越性。也藉由全力發展這項新技術， 期望能使病患待在台南就可以得到世界級的醫療服務水準。